Parceria com a GPESCA
O PPBA possui parceria com a GPESCA, empresa sediada na cidade de Bragança e que desenvolve atividades relacionadas à captura e beneficiamento de pescado no município desde 2002. A parceria abrange uma pesquisa sobre os resíduos originados do processamento feito pela indústria pesqueira.
Assessoramento de autoridades públicas
Os docentes Nils Asp e Luci Cajueiro participam de atividades relacionadas ao Gerenciamento Costeiro (GERCO), constituído por um grupo de profissionais que assessora as autoridades públicas no gerenciamento costeiro da região de Bragança.
Parceria com a EMATER e EMBRAPA
A docente Juliana Araripe, juntamente com Sávia Moreira, sua orientanda que defendeu dissertação em 2015, desenvolveu um trabalho em parceria com a organização não governamental AQUASIS (Associação de Pesquisa e Preservação de Ecossistemas), tratou-se de um estudo genético que colaborou com a conservação de peixes-boi marinho. Nessa perspectiva, a docente também desenvolveu em conjunto com a Empresa de Assistência Técnica e Extensão Rural (EMATER), um trabalho sobre a pesca do Camorim (Centropomus). Este trabalho foi realizado juntamente com a discente Eduarda Garcia, pertencente ao curso de Doutorado e funcionária da EMATER. Com a Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária (EMBRAPA), Juliana Araripe está desenvolvendo estudos com peixes Pirarucu. Conta com a participação do discente Renan Yan e a discente egressa Fabrícia Nogueira, que defendeu a dissertação em 2014. A parceria com a EMBRAPA se dá por meio de Eduardo Varela, egresso do programa e funcionário da empresa na sede situada na cidade de Palmas, no Tocantins.
AQUASIS
O PPBA possui parceria com a ONG AQUASIS (Associação de Pesquisa e Preservação de Ecossistemas Aquáticos) para um estudo genético que colaborou com a conservação de peixes-boi marinhos e estudos com pirarucus em parceria com a EMBRAPA, Palmas, Tocantins, que coordena um projeto financiado com análises genéticas populacionais com a espécie.